重慶市水產科學研究所（簡稱“市水研所”）是1984年經重慶市人民政府批準成立的重慶市唯一的市級水產科研機構，屬財政全額撥款公益二類事業(yè)單位，舉辦單位為重慶市農業(yè)投資集團有限公司。2013年經市編辦批準加掛了“重慶農墾農產品質量安全檢驗檢測站”（簡稱“質檢站”）牌子，實行“兩塊牌子，一套班子”運行模式。
市水研所的宗旨：開展水產科學研究，促進水產事業(yè)發(fā)展；其職責任務：一是開展水產養(yǎng)殖及病害防治研究；二是開展水產品質量安全研究；三是開展?jié)O業(yè)資源調查、研究、評估；四是承擔長江中上游瀕危水生動植物物種科學研究、保護、開發(fā)利用；五是開展水產科研技術推廣與交流合作。六是開展農產品質量安全檢驗檢測工作。
市水研所辦公本部位于江北區(qū)紅石路6號，擁有實驗室（質檢站）、魚類標本室、圖書室。質檢站現有儀器設備總共計183臺，價值1000多萬元。
市水研所現有長壽、南川2個科研基地，占地面積300多畝，建有各種魚池100多個，其中長壽基地是重慶市市級水產良種場，先后開展了大鰭鳠、大鱗鲃、巖原鯉、白甲、中科5號異育銀鯽、長江鱘、中華沙鰍、四大家魚等20多個魚類的繁育養(yǎng)殖研究和利用，年產各類魚苗可達2億尾以上。其中大鰭鱯人工繁育技術處于國內領先水平，是西南地區(qū)最大的大鰭鳠人工繁育基地。
市水研所承擔的長江鱘內塘馴化養(yǎng)殖和人工繁殖試驗、水庫消落區(qū)可干型網攔庫灣培育大規(guī)格魚種的研究、大鰭鳠規(guī)?；别B(yǎng)殖關鍵技術及中試研究等二十多個項目先后獲多項國家科技進步獎、四川省科技進步獎、重慶市科技進步獎。在淡水漁業(yè)、水生態(tài)學、水產科學、科學養(yǎng)魚、水產養(yǎng)殖及重慶水產等雜志上發(fā)表論文100多篇，獲得良好的科研效果和社會效益。
近年來，市水研所深學篤用習近平新時代中國特色社會主義思想和黨的二十大和二十屆二中、三中全會精神，聚焦水產科研主責主業(yè)，加大科技創(chuàng)新力度，加強科技成果轉化，服務全市漁業(yè)產業(yè)，為努力成為中國西部水產研究領域龍頭科研單位和水產科研成果產業(yè)化示范基地不懈奮斗。
